Media memiliki peran penting dalam membangun civil society melalui informasi yang disebarkan kepada masyarakat. Media juga berperan dalam pembentukan opini yang kemudian akan memengaruhi sikap dan pandangan masyarakat terhadap isu – isu tertentu. Sesuai dengan fungsi dan peran media seharusnya media bersikap netral dalam pemberitaan terutama menyangkut isu – isu mengenai intoleransi terhadap agama dan etnis tertentu. Pemberitaan tentang intoleransi agama di Indonesia kurang berimbang dan kurang bernuansa untuk meredam dan menyelesaikan konflik. Hal ini berdampak pada makin menguat dan meluasnya sikap intoleransi. Penelitian bertujuan untuk mengetahui (1) peran dan kompetensi jurnalis dalam pemberitaan tentang kasus intoleransi agama, (2) penerapan prinsip – prinsip jurnalisme damai terkait berita tentang kasus intoleransi agama di media online, (3) pembingkaian media cnnindonesia.com dan Republika.co.id dalam pemberitaan kasus intoleransi di wilayah Yogyakarta. Penelitian ini menggunakan perspektif jurnalisme damai dari Annabel McGoldrick dan Jake Lynch. Penelitian menggunakan pendekatan kualitatif dengan metode framing dari Robert Entman yang melihat penonjolan aspek – aspek tertentu dari realitas oleh media dan bagaimana proses seleksi. Hasil penelitian menunjukkan berita – berita dan opini yang dimuat di
media cenderung (1) kurang mengutamakan memilih dan menonjolkan fakta –fakta yang mampu mengurangi ketegangan konflik atau dalam konsep jurnalisme damai disebut jurnalisme yang berfokus pada kekerasan, (2) kurang menonjolkan penyebab masalah dengan jernih dan benar, (3) Media tidak memberikan ruang yang sama kepada semua pihak untuk bersuara.